元气骑士中的武器融合系统是提升战斗力的核心玩法之一，通过特定配方将两把或三把武器合成为更强大的新武器。天堂之拳、群星之弓和寒光月华剑被玩家称为元气三幻神，这三把融合武器在综合性能上难分高下。天堂之拳凭借高伤害、高攻速和子弹弹射特性，在零配备和高配备状态下都能稳定发挥；群星之弓具有优秀的群体攻击能力和低蓝耗，但合成门槛较高；寒光月华剑则以控制效果和低廉的合成成本著称，但存在较长的攻击真空期。
武器融合的基本操作流程需要在地牢中进行，初始房间无法完成融合。玩家需先在锻造台打造所需的基础武器，例如火焰剑和冰霜箭，进入地牢后装备这些武器，当遇到新武器时会出现融合按钮。雷剑是经典融合案例，由火焰剑与冰霜箭合成，兼具冰火属性并能释放范围闪电伤害。融合后的武器无法直接制作，必须通过特定配方合成获得，这增加了稀有武器的价值。
三武器融合需要借助特殊机制实现，通常使用骑士的二技能全力攻击配合植物卡bug完成。以群星之弓为例，需提前锻造火焰弓、冰霜弓和珺之弓，通过技能机制同时携带三把武器进入地牢完成融合。电弧手里剑与雷电战锤融合生成的宙斯之矛，以及英雄弓与风之弓合成的魔法弓，都是具有追踪效果的高伤害融合武器。这些武器的共同特点是保留了基础武器的特性并强化了攻击效果。
武器融合系统的深度体现在配方的多样性上，光剑系列可合成土豪金版本，雪狐系列能逐步升级为巨巨雪狐。部分融合武器如嘤嘤鹰需要三把不同鹰类武器加樱花霰弹枪，虽然攻击效果特殊但实际强度一般。玩家在选择融合路线时需考虑自身操作习惯和资源储备，某些高成本武器如黑洞导弹炮由导弹炮和虚空剑合成，具有区域吸引和爆发伤害双重特性。
融合武器的强度不仅体现在基础数值上，更在于特殊效果组合。寒光月华剑的控制能力、宙斯之矛的电流连锁、魔法弓的追踪箭矢都创造了独特的战斗体验。玩家需要根据关卡特点和敌人类型选择合适的融合路线，部分武器如彩虹加特林由红黄蓝冲锋枪与骑士之拳合成，牺牲精准度换取火力覆盖。武器融合系统为游戏提供了丰富的战术选择空间。
掌握武器融合机制是进阶玩家的必备技能，从基础的双武器融合到复杂的三武器组合，每把融合武器都有其最佳使用场景。玩家在资源允许的情况下应优先尝试天堂之拳、群星之弓等顶级融合武器，这些装备能显著降低通关难度。游戏版本更新会调整武器平衡性，但核心融合配方保持稳定，持续探索新的武器组合是游戏长期乐趣所在。
